Амазонский ламантин распространен по всему бассейну Амазонки в северной части Южной Америки. Иногда сообщается, что его диапазон иногда включает бассейн реки Ориноко, но такие сообщения, очевидно, основаны на ошибочной идентификации американского ламантина, поскольку Амазонский ламантин вряд ли способен достигнуть вод, которые соединяют бассейны Ориноко и Амазонки.
Эта разновидность обитает в устье Амазонки на Атлантическом побережье. Амазонский ламантин обитает исключительно в пресной воде. Это животное предпочитает блэкуотерские озера и лагуны, и обычно обитает в водах с температурами 22 - 30 градусов C (72 - 86 градусов F). Амазонские ламантины тесно связаны с пресной водой также из-за богатой водной растительности, которая составляет главный источник питания для них.