Бассейн Амазонки известен большим количеством уникальных разновидностей растений и животных. Считается, что более чем шесть тысяч разновидностей растений произрастают на одном квадратном километре тропического леса Амазонки, и приблизительно тысяча разновидностей птиц (в тропическом лесу Амазонки обитает каждая пятая птица на Земле). Тропические лес имеет огромное структурное разнообразие, со "слоями" растительности, расположившимися от уровня почвы леса до лесного навеса, на высоте более 30 м. Стоит отметить, что тропический лес Амазонки существует более длительный период времени, чем леса умеренных областей. Тропический лес Амазонки не был затронут холодами во время Ледниковых периодов, и не имел периодов длительной засухи, что привело к тому, что фауна Амазонки свободно развивалась, приспосабливаясь к специфическим локальным природным условиям. Южная Америка отделилась от других континентов больше 100 миллионов лет и была отдельной от Северной Америки практически все это время – достаточно долго для того, чтобы появилась уникальная флора и фауна. Большинство деревьев, найденных в тропическом лесу Амазонки, являются тропическими пальмами, между которым растут также различные разновидности деревьев. Те растения, которые могут быть найдены на уровне почвы в лесу, являются главным образом молодыми деревьями, травами (часто лекарственными) и древесными кустами.

Самым известным из всех деревьев Амазонки является каучуковое дерево (Hevea brasiliensis), известное как seringuera в Бразилии. Это дерево все еще занимает важную нишу в структуре экспорта Бразилии, сто лет назад именно из-за каучукового дерева началась активная эксплуатация запасов Амазонки. Также здесь встречается Бразильский орех (Bertholletia excelsa), который вырастает до 30 м. в высоту; одно дерево может произвести более чем 450 кг орехов в год. Большое дерево Инга (Inga edulis) принадлежит семье мимозы, и может вырасти до 36 м. У этого дерева есть красочная неоднородная кора, большие листья и белые, похожие на волосы, цветы, подобные мимозе, но его самая отличительная особенность - это стручки с семечками, иногда достигающие в длину более чем полметра. Стручки содержат сладкую белую мякоть и большие семена, которые некоторые индийские племена используют для лечения дизентерии, а другие для того, чтобы чистить зубы. Лоза (Leguminosae casalpinioideae), известная как escada-de-jabuti в Бразилии, является необычно-выглядящей лианой, которая постепенно возвышается от земли, и цветет на уровне навеса первичных лесов. Часто эти лианы старше, чем деревья, на которых они могут быть замечены. Существует большое количество различных остроконечных пальм, найденных по всему тропическому лесу. Главный ствол пальмы начинает расти приблизительно в двух или трех метрах от уровня почвы, ее корни возвышаются выше земли на несколько метров и защищены от животных шипами; таким образом, ствол располагается выше уровня воды во время затоплений леса, а корни в состоянии поглощать азот из атмосферы, а не из почвы. Один пример этого типа деревьев - "гуляющая" пальма (Socratea exercisia), древесина которого часто используется для производства паркетной доски. Считается, что шипы у корней этих деревьев появились, в процессе эволюции растения, для защиты от гигантских ленивцев. Другая пальма (Socratea exorrhiza) также распространена в Амазонке, достигает высоты в 15 м. У этой пальмы есть тонкий ствол, очень тернистые корни - сваи, которые растут в форме вигвама выше уровня почвы, и она имеет длинные тонкие листья, которые используются некоторыми местными племенами индейцев для лечения гепатита.

Самыми лучшими областями для того, чтобы исследовать дикую природу Амазонки, являются берега реки: вероятно, здесь можно будет увидеть кайманов, ар и туканов, а также, одну из разновидностей ястребов. Также здесь Вы сможете увидеть речного дельфина, водосвинку или, возможно, даже одну из кошек джунглей. В джунглях, Вы, вероятно, найдете млекопитающих, таких как pecary (дикая свинья), тапир, ленивец и, очень редко, вторую по величине кошку в мире, ягуара.